ฟุตบอลเอไอเอสลีกดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2012 มีทั้งสิ้น 81 ทีม

ภาคเหนือ 18 ทีม พิษณุโลก TSY เอฟซี , ลำพูน วอริเออร์, พิจิตร เอฟซี, อุตรดิตถ์ หมอเส็ง , นครสวรรค์ เอฟซี , สิงห์บุรี เอฟซี , อุทัยธานี ฟอเรสท์ , แพร่ ยูไนเต็ด , ลำปาง เอฟซี , กำแพงเพชร เอฟซี , เชียงราย เอฟซี , เพชรบูรณ์ เอฟซี , น่าน เอฟซี , สุโขทัย เอฟซี , ตาก เอฟซี , พะเยา เอฟซี . เชียงใหม่ เอฟซี (ตกชั้นจากดี 1) , ปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ยู เอฟซี (ย้ายจากโซนก.ท.ม)

ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 16 ทีม ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด , เลย ซิตี้ , ยโสธร ยุไนเต็ด , หนองคาย เอฟที , สุรินทร์ เอฟซี , นครพนม เอฟซี , กาฬสินธุ์ เอฟซี , อุดรธานี เอฟซี , สกลนคร เอฟซี , มหาสารคาม ยูไนเต็ด , หนองบัวลำภู เอฟซี , มุกดาหาร ซิตี้ , อำนาจเจริญ ทาวน์ , อุบล ไทเกอร์ เอฟซี , มาแชร์ ชัยภูมิ เอฟซี , ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด (น้องใหม่)

ภาคกลางและตะวันออก 18 ทีม ระยอง เอฟซี , สมุทรสาคร เอฟซี , อยุธยา เอฟซี , อ่างทอง เอฟซี , ลพบุรี เอฟซี , ฉะเชิงเทรา เอฟซี , เพชรบุรี เอฟซี , สมุทรปราการ เอฟซี , เมืองกาญจน์ เอฟซี , ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด , สระแก้ว ซิตี้ , ประจวบ เอฟซี , ปทุมธานี เอฟซี , กบินทร์ ซิตี้ , นครนายก เอฟซี , มาบตาพุต นย.ระยอง (ย้ายจากโซนก.ท.ม.) , สมุทรปราการ ยูไนเต็ด (ย้ายจากโซนก.ท.ม.) ตราด เอฟซี (น้องใหม่)

ภาคกรุงเทพและปริมณฑล 18 ทีม ม.เกษตรศาสตร์ , นอร์ทกรุงเทพ เอฟซี , ปราจีนบุรี เอฟซี , ราชวิถี , จามจุรี ยูไนเต็ด , นนทบุรี เอฟซี , กรุงเทพคริสเตียน , โกลเบล็ก เอฟซี , ธัญบุรี อาร์เอ ยูไนเต็ด , อัสสัมชัญ ธนบุรี , กองเรือยุทธการ , ม.เกษมบัณฑิต , ลูกอีสาน การบินไทย , ไทยฮอนด้า(ตกชั้นจากดี 1) , อาร์แบค เอฟซี (ตกชั้นจากดี 1) . ทีมตกชั้นจากดี 1, ทีมจากถ้วย ข. อีก 2 ทีม

ภาคใต้ 11 ทีม ปัตตานี เอฟซี , หาดใหญ่ เอฟซี , พังงา เอฟซี , สตูล ยูไนเต็ด , ระนอง เอฟซี ,นรา ยูไนเต็ด ,ชุมพร เอฟซี , สุราษฎร์ เอฟซี , ตรัง เอฟซี , ยะลา เอฟซี , นครศรีธรรมราช เอฟซี

สำหรับทีมน้องใหม่อย่างศรีสะเกษ ยูไนเต็ด ที่ได้สิทธ์เข้าร่วมการแข่งขันในโซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ นายวิมล กล่าวว่า นี่เป็น 1 ในโครงการนำร่องเหมือนในปีที่ผ่านๆมา ซึ่งเราเคยเปิดโอกาสให้ทีมอย่างเชียงราย เอฟซี ,หาดใหญ่ เอฟซี และปราจีนบุรี ยูไนเต็ด เข้าร่วมการแข่งขัน แม้ในจังหวัดนั้นจะมีทีมฟุตบอลอยู่แล้วก็ตาม